El Museo está conformado por una colección de 2,000 obras donadas por el maestro Octavio Bajonero Gil, distribuidas en 7 salas.
Las primeras 3 salas se localizan en el edificio J. Jesús Gómez Portugal cuya construcción data del siglo XVII y donde de manera taxonómica se pueden apreciar las diversas obras.
En la primera sala se exhiben piezas precolombinas alusivas al periodo.
En la segunda sala, se aprecian piezas artesanales en todas sus manifestaciones: máscaras, cráneos, miniaturas, juguetes, candelabros, etc.
En la tercera sala se exhibe bisutería y artículos de uso personal (tazas, bastones, pipas, mascadas, bolígrafos, diademas, muñequeras, etc.), miniaturas en piedras semipreciosas, artesanía en diversos materiales, arte sacro colonial y contemporáneo, así como una pequeña sala de artículos relacionados con cultos paganos.
Las siguientes salas se localizan en un edificio moderno construido en el siglo XX.
Tres salas, una por nivel, nos dejan ver las aportaciones de los contemporáneos en artes plásticas y gráficas. Desde los excelsos Manuel Manilla y José Guadalupe Posada hasta Francisco Toledo.
En los pisos 2 y 3, el grabado nos muestra todas sus posibilidades; en la planta baja, la diversidad de técnicas nos enseña que no hay límites para las expresiones artísticas. Una gama enorme de interpretaciones, técnicas y movimientos se hacen presentes en este apartado que, por su colorido y grandes nombres, proporciona al espectador un cúmulo de emociones y entretenimiento.
El Museo Nacional de la Muerte pone a disposición del público su tienda librería, en la cual además de encontrar gran variedad de artículos de recuerdo, se ofrecen títulos editoriales especializados en el tema de la muerte, fotografías y fichas técnicas de gran parte de las obras alojadas en este espacio cultural.