La Hacienda de Los Cuartos junto con las del Chichimeco y Las Trojes pertenecientes hoy día al municipio de Jesús María, nacieron el 22 de febrero de 1597 y fueron utilizadas como sitio de ganado mayor y caballerías.
En el siglo XIX se sustituyó paulatinamente la ganadería por la agricultura, particularmente para el cultivo y molienda de trigo, rama en la que la Hacienda fue muy productiva debido a una reforma de las instalaciones de su molino en 1860.
A principios de este siglo la Hacienda era una finca de unas 200 hectáreas en las que se cultivaba trigo, maíz y fríjol, y contaba con monte para el ganado. En las siguientes décadas perteneció a varias personas hasta que en 1990, el Ing. Roberto Aceves Fernández donó la finca para convertirse en el Centro Ecológico Los Cuartos, lugar que a partir de 1992 está dedicado a la educación ambiental.